1998.5．马科斯博士在漫长的沉睡中复活，并且以雌雄同体的水蛭人出现，他利用体内的病毒开始向安布雷拉报复。
1998.5.11.马科斯破坏了阿克雷研究所，干部养成所，地下处理场出现感染。不久以后这些设施的人员相继被感染，事态逐渐扩大！T病毒也在洋馆蔓延………
1998.5.20阿克雷山区发现第一例生化怪物攻击杀人事件，人们在浣熊市的Marbie河的河床上发现一位女性残缺不全的尸体……至此危机开始爆发
6.8 艾隆斯开始对秘书凶暴起来，秘书对自己的安全感到担心。同时，新任研究所领导人约翰写了一封决别信给自己的女友ADA，希望她将真相报道给媒体。并希望如果自己变成丧尸她能亲手杀死自己。
6.15 秘书终于发现了局长的秘密，她确定她处于危险之中，日记不连贯的结束了。
6.30 瑞贝卡进入Bravo小队
7.9 阿克雷山区发生了数起攻击时间后被R·P·D封锁，S.T.A.R.S被指示去寻找失踪的游客。副队长恩里克作为这次行动的指挥官率领Bravo小组向阿克雷山区进发。
7.21 安布雷拉命令威斯卡完成一些特殊任务：引诱S.T.A.R.S到洋馆和生化武器战斗，除了Tyrant以为的每种生化武器胚胎2个，任务完成后摧毁研究所。同时海军队员比利-科恩被判死刑由阿克雷转到莱克森执行。
7月下旬。马科斯向威斯卡等复仇，他指挥水蛭袭击了安布雷拉经过阿克雷的列车。两小时后BRAVO小组来到事发地点并且开始寻找生还者。瑞贝卡和比利在列车中相遇了开始了逃亡之路.
7.24 马科斯被瑞贝卡和比利消灭，然后比利离开浣熊市，瑞贝卡前往洋馆。Bravo小组与警局失去联系24小时后由威斯卡率领的Alpha小组出发了。刚下直升机就受到了攻击，佛斯特阵亡。众人为了躲避怪物进入洋馆，同时女性实验体开始苏醒。
7.25 事情的真相由S.T.A.R.S的手披露出来。研究所的生化武器被全部消灭。而S.T.A.R.S只幸存了克里斯吉儿巴瑞布拉特瑞贝卡。威斯卡暴露叛徒身份行踪不明。另一方面威廉顺利的当上主任研究员，并且继续向艾隆斯贿赂。为的是保住自己研究G病毒的事实。
8月中旬浣熊市区出现疑似T病毒的病痪，不少人目击到丧尸的出现。克里斯想联邦调查局就浣熊市的状况提交了报告，希望进行调查。
8.24 克里斯和FBI的合作，被安布雷拉察觉，也知道了G病毒的存在。克里斯为了更加深入调查G病毒前往欧洲。巴瑞安置好家人以后也前往和克里斯会合。而吉儿留在市内继续调查。
9月中旬为里夺取G病毒，HCF的间谍ADA潜入浣熊市。9.23 因为威廉不肯交出G病毒，总部派出特殊部队前往抢夺。在这场争夺战中，威廉重伤，在生命垂危之际向自己身体内注射了G病毒，从而变为G。变异为G的威廉杀
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